Unabhängig von der Definition eines Flaggschiffes Kommandoschiff eines Flaggoffiziers haben wir die Aussage in meheren Folgen der Serien und in den Filmen, das die Enterprise das Flaggschiff der Sternenflotte ist. Das Ganze mag der normalen Definition eines Flaggschiffes wiedersprechen, ist aber eine canon-Aussage, höchstens bei der E könnte man Zweifeln, weil es keine explezite Aussage gibt.
Wenn man von der Sternenflotte redet, meint man die gesamte Sternenflotte und nicht die Einsatzverbände bei Wolf 359 oder die Verbände unter der Führung der Defiant im Dominionkrieg, das waren immer Teile der Sternenflotte und nicht die gesamte Flotte.
Wenn du aber dermaßen genau auf die Definition Flaggschiff bestehst Dave und nicht auf die canon-Aussagen, können wir die Defiant automatisch außen vor lassen, weil sie per Definition nie ein Flaggschiff war, denn obwohl sie ein Kommandoschiff des Einsatzverbandes war, war sie nie ein Kommandoschiff eine Flaggoffiziers. Captain Sisko hatte zwar das Kommando über den Einsatzverband, aber er ist kein Flaggoffizier, dazu fehlt im eine Beförderung. Flaggoffiziere sind nun mal Admiräle.
Damit haben wir defacto per Definition nur einen Fall Flaggschiff in deiner Aufzählung nämlich bei Wolf 359, die Melbourne, Admiral Hansons Flaggschiff.