^^ Das erscheint mir auch am sinnvollsten, denn darüber habe ich früher schon häufig nachgedacht. Der Warpkern erstreckt sich über viele Decks, da war es konstruktionsbedingt vielleicht erforderlich, die M/ARK ein Deck tiefer zu legen. Vielleicht befindet sich dort auch ein weiterer Teil des Maschinenraums, den man nur nie zu Gesicht bekommen hat.
In einer Episode wird ja der Warpkern ausgestoßen, da sieht man ihn komplett, leider fällt mir nicht mehr ein, wie er aussieht und welche Folge das ist...
Aber worum handelt es sich bei dem "plasma"gefüllten leuchtenden Teil im Zentrum des Maschinenraums? Ist das ein magnetisches Querschnittverengersegment, nur moderner als jene, die man in Next Generation sieht? Ist es ein Teil der Reaktionskammer oder vielleicht sogar die Plasmatransferleitung zu den Triebwerken, die sich später aufzweigt? Ok, noch mehr Fragen, aber keine Antworten, aber solange es kein technisches Handbuch zu Intrepid gibt, kann man nur spekulieren.
EDIT: Also, es handelt sich um die Folge "Tag der Ehre", hier ist ein Link mit Screenshots (unten rechts sieht man den Warpkern, während er ausgestoßen wird):
http://www.mc-kinley-station.de/voy/episoden/vep070.html
Anhand des Bildes stelle ich mir vor, dass man den unteren glühenden Teil des Warpkerns vom Maschinenraum aus sieht, den oberen Bereich aber nicht. Der untere dunkle Zylinder ist der Teil, den Janeway sich ansieht, der ist ja auch in jenem Bild dunkel. Zwischen den blau glühenden Zylindern könnte die M/ARK sein, der Bereich erscheint mir groß genug. Nur ne Idee.