Gehen wir die Sache mal so an:
Nehmen wir an, der Außerirdische nennt sein Schiff USS Dauntless NX-1701-F. Hätte er das getan, wäre sein Schwindel sofort aufgeflogen. Janeway hätte gewusst, dass 1701 die Nummer der Enterprise ist und das Schiff unmöglich Dauntless heißen kann mit dieser Nummer.
Schlussfolgerung:
Es gab eine USS Dauntless mit der Registrierung NX/NCC-01, ansonsten hätte Janeway sofort gewusst, dass etwas nicht stimmt.
Die Dauntless ist ein Schiff der Föderations-Sternenflotte und die Enterprise ein Schiff der Erd-Sternenflotte. Also können sie ruhig die selbe Nummer haben.
Hier eine kleine Theorie:
Die Föderation wird gegründet und gleichzeitig eine gemeinsame Sternenflotte. Die Ingenieure aller Mitgliedswelten setzen sich zusammen und entwickeln/bauen das erste Schiff dieser neuen Sternenflotte: die USS Dauntless. Nur neue Schiffe zu konstruieren, wäre zu teuer und die vorhandenen alten Schiffe der Mitgliedswelten zu verschrotten, wäre Verschwendung. Also entschließt man sich, diese alten Schiffe in die Sternenflotte zu integrieren. Um ein einheitliches Registrierungsnummernsystem zu haben, werden diese Schiffe einfach "umregistriert". Die Enterprise (sofern sie zu diesem Zeitpunkt überhaupt noch existiert) hätte dann zB NCC-35 oder so.
Die Enterprise NX-01 ist mit Sicherheit das erste Schiff der Erd-Sternenflotte mit dem neuen Warpantrieb, aber keinesfalls das erste Sternenflotten-Schiff überhaupt. Das Raumschiffmodell, das der kleine Archer am Anfang zusammenbaut, wird im Drehbuch als "early 22nd century Starfleet transport" bezeichnet. Das ist zwar nicht canon, weil es im Film nicht gesagt wurde, aber man sieht daran, dass B&B nicht wollen, dass die Enterprise das erste Starfleet-Schiff ist.
Wieso hat sie dann 01?
Theorie 1:
NX steht auch bei der Erd-Sternenflotte für Prototypen und die Enterprise ist derzeit der einzige Prototyp. Erst nach der Testphase erhält das Schiff eine reguläre Registrierung.
Theorie 2:
NX steht für Schiffe mit dem neuen Warpantrieb. Ältere Schiffe haben zB SFR oder sonstirgendwas. Es kann also gut sein, dass irgendwo ein Starfleet-Frachter mit SFR-1 herumschwirrt. Das wäre dann ungefähr so wie in der US Navy. Da gibt's auch Schiffe, die die gleiche Nummer haben, aber einen anderen Präfix, zB hieß der erste Flugzeugträger USS Langley CV-1 und das erste Schlachtschiff USS Indiana BB-1.
Also nicht alle Schiffe der Navy haben den selben Kürzel, sondern es kommt darauf an, was für ein Schiff es ist (weitere Beispiele: CC für Kreuzer, SS für Unterseeboote, FF für Frigaten, etc.).
Bei der Föderationsflotte ist es so, dass jedes Schiff NCC hat (NX für Prototypen) egal ob Frachter, Kreuzer oder Forschungsschiff. Das war so eigentlich nicht geplant. Matt Jefferies (hoffentlich verwechsle ich jetzt nicht den Namen), der die ursprüngliche Enterprise entwarf, wollte eigentlich ein ähnliches Schema für die Sternenflotte, wie es die Navy hat. NCC sollte eigentlich nur für Kreuzer sein. Dann veröffentlichte jedoch Franz Joseph das "Starfleet Technical Manual". Darin kamen Klassen wie die Saladin, Ptolemy oder Federation vor. Und egal ob es sich dabei um einen Zerstörer, einen Schlepper oder eín Schlachtschiff handelte, jedes Schiff bekam NCC. Irgendjemand bei Paramount nahm sich dieses Buch als Vorlage, und seitdem haben alle Starfleet-Schiffe NCC.
